新幹線を利用する際は、運賃と特急料金の仕組みを理解し、目的地や時期に合わせた適切な座席予約を行うことが重要である。特に大型荷物を持ち込む場合は、事前の専用座席予約が欠かせず、ルールを守らないと追加料金が発生する場合がある。
2023年10月の価格改定により、ジャパン・レール・パスの利用価値は大きく変化した。東京・大阪間の往復といった一般的な移動では元が取れにくくなっており、現在は広範囲に移動する旅行者向けの製品となっている。